Среди обвинений — хищение средств, выделенных на монастырские проекты, а также грубое нарушение монашеских обетов.

По данным следствия, настоятель длительное время поддерживал незаконные связи с женщинами, что привело к рождению внебрачного ребёнка.

В настоящее время дело Ши Юнсина рассматривается межведомственной следственной группой.